ScanSnap の macOS Sierra 対応には macOS Sierra 10.12.1 アップデートを

PFU が ScanSnap を macOS Sierra で使うと PDF に問題が発生した件などへの対応が完了したことを発表しています（「macOS Sierra」へのScanSnap対応状況について）。

お客様各位

2016年10月27日
株式会社 PFU

「macOS Sierra」へのScanSnap対応状況について

「macOS Sierra（Apple社より9月21日リリース）」上での動作問題が解決いたしましたので、ご連絡いたします。
「macOS Sierra 10.12.1（Apple社より10月25日リリース）」へのアップデート、およびご使用中のScanSnap各ソフトウェアのアップデートを適用することで、macOS Sierra上でご使用いただけます。
アップデートについては、ScanSnap よくあるご質問をご確認ください。
※このアップデートはmacOS Sierra をインストールされたお客様を対象としたアップデートです。OS X El Capitanなど他のOSでは利用できませんのでご注意ください。 また、OS X El Capitanなど他のOSでは今まで通りScanSnapをお使いいただいて問題はございません。

※ 本ページの内容は、予告なく変更される場合があります。あらかじめご了承ください。

アップデートの詳細は、ScanSnapのmacOS Sierra への対応状況を教えてください を参照のこと。ScanSnap 関連アプリ・ドライバのアップデートだけでなく、macOS Sierra 10.12.1 へのアップデートも必要とされている。

macOS Sierra への対応状況を教えてください。 | ScanSnap よくあるご質問 (PFU)

ScanSnap各機種の関連ソフトウェアは、macOS Sierraに対応しております。 ※macOS Sierraの10.12.1以降へのアップデート、および 各ソフトウェアのア...

faq.pfu.jp

macOS X ではこれまでも PDF の日本語 OCR の情報を破壊していた経緯がある ので、OS 側の対応が必要であったと思われます。